1949年,解放軍和平解放新疆,新疆軍區(qū)成立,甘祖昌擔(dān)任后勤部副部長。當(dāng)時,敵特支持投機(jī)倒把分子新疆?dāng)_亂物價,大肆壟斷黃金銀圓,妄圖從經(jīng)濟(jì)上困死解放軍,甘祖昌低價將銀圓投入流通市場,打擊奸商氣焰,穩(wěn)定市場,穩(wěn)定新疆政局。其后,敵特分子為報復(fù)甘祖昌制造車禍,令他頭部重傷。1955年甘祖昌被授予少將軍銜,和他同村同時入伍的李保山則授校銜。李對甘很嫉妒,違紀(jì)后被解職回鄉(xiāng)。甘祖昌腦震蕩后遺癥嚴(yán)重,自覺不在適合服務(wù)軍隊(duì),加之回家后看到家鄉(xiāng)雖解放但生活仍貧困,自請辭職,解甲歸田,回到老家江西蓮花縣沿背村。回鄉(xiāng)后,他不辭辛勞,繼續(xù)為家鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)建設(shè)做貢獻(xiàn)。他排除萬難,修整水旱田,修建水庫,創(chuàng)建公社農(nóng)科所等,使農(nóng)民生活大有改善。甘祖昌不戀高位而選擇奉獻(xiàn),不圖享受而甘于奮斗的精神成為領(lǐng)導(dǎo)干部的楷模,時代的先鋒。